2001年12月26日，北京市科学技术委员会印发“关于同意成立‘北京市防沙治沙工程技术中心’的批复”（京科高发[2001]790号）；2002年6月18日北京师范大学印发“关于成立北京市防沙治沙工程技术中心的决定”（师设[2002]5号），北京市防沙治沙工程技术中心（以下简称“工程技术中心”）正式成立。“工程技术中心”上级主管部门是北京市科学技术委员会和北京师范大学。其中，人事和行政隶属北京师范大学领导，科研业务由北京市科学技术委员会和北京师范大学双重领导，有关科研任务纳入北京市科学技术委员会和北京师范大学的科研年度计划。